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Im Jahr 2000 wurde El Hierro von der UNESCO zum Biosphärenreservat erklärt. Ziel war die bestehenden typischen Kulturlandschaften und der darin befindlichen Tier- und Pflanzenarten zu schützen.
Fast 70% der Insel sind heute unter Schutz gestellt und mehrere Bauprojekte (Hotelanlagen) wurden abgelehnt. Die Inselbewohner wollen keinen Massentourismus und möchten die Insel weitgehend im bisherigem Bild erhalten.
 Unter besonderem Schutz stehen die 3 Naturschutzgebiete (Reserva Natural): Es sind die im Norden befindlichen Meeresfelsen, die Roques de Salmor (Reserva Natural Integral de Roques de Salmor), die ebenfalls im Norden befindliche Naturschutzgebiet Tibataje (Reserva Natural Especial de Tibataje, mit Rieseneidechsen Gallotia simonyi) und im Westen das Naturschutzbiet Mencáfete (Reserva Natural Integral de Mencáfte). Dazu gibt es zwei Landschaftsschutzgebiete (Paisaje Protegido), das von Ventejis und im Süden jenes von Timijiraque. Den grössten Teil der Insel nimmt der Landschaftspark Frontera (Parque Rural de Frontera) ein. Das von den Aussichtspunkten Mirador de las Playas und Mirador de Isora aus sichtbare Felsenmassiv wurde als Gelogisches Schutzgebiet (Monumento Natural de Las Playas) ebenfalls unter Schutz gestellt. Erwähnenswert ist auch, dass immer mehr Bauern ökologischen Landbau betreiben.
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